核苷酸与核苷二磷酸激酶的结合:人NDPK-A与ADP复合物的x射线结构和与蛋白激酶的比较。
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陈勇，加洛瓦-蒙布伦S，施耐德B, Veron M, Morera S, Deville-Bonne D, Janin J
核苷酸与核苷二磷酸激酶的结合:人NDPK-A与ADP复合物的x射线结构和与蛋白激酶的比较。
中华分子生物学杂志，2003 9月26日;332(4):915-26。
- PubMed ID
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12972261 (PubMed视图］
- 摘要
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NDPK-A是nm23-H1基因的产物，是人核苷二磷酸激酶的两种主要亚型之一。我们用荧光法分析了其核苷酸底物的结合。通过观察H118G/F60W变体(一种为此目的而设计的突变蛋白)的固有荧光变化，检测三磷酸核苷(NTP)底物的结合。核苷二磷酸(NDP)底物结合是通过与ADP的荧光衍生物竞争来测量的，遵循衍生物的荧光各向异性。我们还测定了变体NDPK-A在2.0A分辨率下与ADP, Ca(2+)和无机磷酸盐(ATP水解产物)配合物的x射线结构。我们比较了该复合物中所见的结合核苷酸的构象及其与蛋白质的相互作用，以及其他NDP激酶结构中存在的核苷酸底物、底物类似物或抑制剂的构象。我们还比较了NDP激酶结合的核苷酸与蛋白激酶结合的ATP，并表明尽管蛋白质环境非常不同，核苷单磷酸部分具有几乎相同的构象。然而，β和-磷酸基在两种激酶中的定位和取向不同，它们结合的金属离子具有相反的手性。因此，应该有可能设计出一种类型的激酶的良好底物和另一种类型的不良底物或抑制剂的核苷酸类似物。