法裔加拿大人UGT1位点遗传变异分析
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梅纳德V，吉拉德H，哈维M，珀鲁斯L，吉耶梅特C
法裔加拿大人UGT1位点遗传变异分析
胡姆穆塔。2009年4月30日(4):677-87。doi: 10.1002 / humu.20946。
- PubMed ID
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19204906 (PubMed视图］
- 摘要
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udp -葡萄糖醛酸基转移酶UGT1基因座由9个外显子1组成，每个外显子两侧有一个独特的启动子区域，以及常见的外显子(2、3、4和交替剪接的外显子5a和5b)。在这里，我们在一个白种人样本中描述了UGT1基因的遗传结构。总的来说，在254个不相关的受试者中，对调控域、外显子和外显子-内含子边界的98个变异进行了基因分型，其中包括12个未报告的UGT1多态性。我们确定了等位基因频率，计算了成对连锁不平衡(LD)，并推断了单倍型;这种彻底的分析产生了有限数量的常见UGT1单倍型。此外，仅需要17个单倍型标记单核苷酸多态性(htSNPs)就可以捕获该位点的大部分等位基因多样性。推断出四个单倍型区块:Block 9/6 (UGT1A9, UGT1A7和UGT1A6)， Block 4 (UGT1A4)， Block 3/1 (UGT1A3和UGT1A1)和Block C(3’utr)。block 9/6和block 3/1之间存在高度连锁，而3'UTR snp在基因上是分离的。最常见的单倍型(16.5%)存在多个有害等位基因，主要为1A1*28、1A3*2、1A6*2、1A7*4。更有趣的是，我们揭示了多种有害变异的共同发生，其中一些可能与葡萄糖醛酸化的个体差异有关。 Comparison with the HapMap data set demonstrated differences in haplotypic diversity between ethnic samples, but similarity between Caucasian cohorts, as observed previously. This report provides relevant data for further pharmacogenomic studies.