朝着人类癌细胞磷蛋白组的全面表征。

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周华，Di Palma S, Preisinger C, Peng M, Polat AN, Heck AJ, Mohammed S

朝着人类癌细胞磷蛋白组的全面表征。

蛋白质组学报，2013年1月4日;12(1):260-71。doi: 10.1021 / pr300630k。Epub 2012 12月18日。

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摘要

质谱(MS)为基础的磷酸化蛋白质组学在定性和定量分析细胞蛋白磷酸化方面取得了非凡的成功。考虑到细胞中磷酸化的估计水平远高于10万个位点，仍有很大的改进空间。在这里，我们试图扩展磷蛋白组覆盖的深度，同时在可用材料、稳健性和仪器运行时间方面保持现实的期望。我们开发了三种策略，每种策略在这三个关键参数之间提供了不同的平衡。第一种策略简单地使用Ti(4+)-IMAC富集，然后反相色谱- LC-MS(称为1D)。第二种策略通过使用HILIC (2D)加入了额外的分馏步骤。最后，设计了第三种策略，首先采用SCX分馏，然后是Ti(4+)-IMAC富集和HILIC (3D)进一步分馏。对HeLa细胞系进行了初步评估。1D策略在大约2小时内检测了3700个磷酸肽，被发现是最敏感的，但在beplayapp全面性上有限，主要是由于复杂性和动态范围的问题。总的来说，使用基于2D的策略实现了最佳的平衡，在大约48小时内识别出了近17,000个磷酸肽，材料含量小于1毫克。随后，我们用K562细胞样本证实了这一发现。beplayapp When sufficient material was available, the 3D strategy increased phosphoproteome allowing over 22,000 unique phosphopeptides to be identified. Unfortunately, the 3D strategy required more time and over 1 mg of material before it started to outperform 2D. Ultimately, combining all strategies, we were able to identify over 16,000 and nearly 24,000 unique phosphorylation sites from the cancer cell lines HeLa and K562, respectively. In summary, we demonstrate the need to carry out extensive fractionation for deep mining of the phosphoproteome and provide a guide for appropriate strategies depending on sample amount and/or analysis time.

beplay体育安全吗引用本文的药物库数据

多肽

名字	UniProt ID
组蛋白去乙酰化酶5	Q9UQL6	细节
高亲和camp特异性和ibmx不敏感3'，5'-环磷酸二酯酶8B	O95263	细节
肌醇1,4,5-三磷酸受体2型	Q14571	细节
肌醇1,4,5-三磷酸受体3型	Q14573	细节
君二聚蛋白2	Q8WYK2	细节
循环amp依赖转录因子ATF-1	P18846	细节
循环amp依赖转录因子ATF-2	P15336	细节
循环amp依赖转录因子ATF-3	P18847	细节
循环amp依赖转录因子ATF-5	Q9Y2D1	细节
循环amp依赖转录因子ATF-7	P17544	细节
金属调控转录因子1	Q14872	细节
PML蛋白	P29590	细节
金属转运体CNNM2	Q9H8M5	细节
三羧酸转运蛋白，线粒体	P53007	细节
钠依赖性磷酸盐转运体2	Q08357	细节
细胞色素c氧化酶铜伴侣	Q14061	细节
Hephaestin	Q9BQS7	细节
钙调磷酸酶B同源蛋白1	Q99653	细节
Calmodulin-2	P0DP24	细节
Calmodulin-3	P0DP25	细节
DNA-3-methyladenine糖基化酶	P29372	细节
60kda热休克蛋白，线粒体	P10809	细节
40S核糖体蛋白S2	P15880	细节
异质核核糖核蛋白A2/B1	P22626	细节
异质核核糖核蛋白H	P31943	细节
异质核核糖核蛋白H3	P31942	细节
异质核核糖核蛋白L	P14866	细节
剪接因子，富含脯氨酸和谷氨酰胺	P23246	细节
剪接因子3A亚基2	Q15428	细节
活化蛋白C激酶受体	P63244	细节
Stress-induced-phosphoprotein 1	P31948	细节
真核起始因子4A-I	P60842	细节
14-3-3蛋白β / α	P31946	细节
肝癌源性生长因子	P51858	细节
磷酸甘油酸突变酶1	P18669	细节
ran特异性gtp酶激活蛋白	P43487	细节
凯尔血型糖蛋白	P23276	细节
整合素alpha-5	P08648	细节
杭丁顿蛋白	P42858	细节
cap特异性mRNA(核苷-2'- o -)甲基转移酶	Q8N1G2	细节
神经细胞粘附分子L1	P32004	细节
Prohibitin-2	Q99623	细节
皮瓣内切酶1	P39748	细节
Beclin-1	Q14457	细节
真核翻译起始因子3亚单位F	O00303	细节
RuvB-like 2	Q9Y230	细节
剪接因子3B亚基3	Q15393	细节
异质核核糖核蛋白F	P52597	细节
异质核核糖核蛋白K	P61978	细节
热休克70 kDa蛋白4	P34932	细节
热休克蛋白105 kDa	Q92598	细节
核迁移蛋白	Q9Y266	细节
26S蛋白酶调节亚基6A	P17980	细节
剪接因子3A亚基3	Q12874	细节
染色质E亚家族成员SWI/ snf相关基质相关肌动蛋白依赖调节因子1	Q969G3	细节
肿瘤蛋白D54	O43399	细节
原肌凝蛋白-3链	P06753	细节
原肌凝蛋白-4链	P67936	细节
泛素羧基末端水解酶14	P54578	细节
Alpha-2-HS-glycoprotein	P02765	细节
色盒蛋白同源物5	P45973	细节
角蛋白，I型细胞骨架10	P13645	细节
lys -63特异性去泛素酶BRCC36	P46736	细节
Desmoplakin	P15924	细节
KAT8调节NSL复合物亚基3	Q9P2N6	细节
远上游元件结合蛋白2	Q92945	细节
富含半胱氨酸和甘氨酸的蛋白1	P21291	细节
Filamin-A	P21333	细节
异质核核糖核蛋白D0	Q14103	细节
异染色质蛋白1结合蛋白3	Q5SSJ5	细节
Ras gtp酶激活样蛋白IQGAP1	P46940	细节
Nucleophosmin	P06748	细节
60S核糖体蛋白L14	P50914	细节
60S核糖体蛋白L18	Q07020	细节
60S核糖体蛋白L35	P42766	细节
60S核糖体蛋白L4	P36578	细节
40S核糖体蛋白S13	P62277	细节
40S核糖体蛋白S17	P08708	细节
40S核糖体蛋白S28	P62857	细节
40S核糖体蛋白S5	P46782	细节
40S核糖体蛋白S6	P62753	细节
40S核糖体蛋白S8	P62241	细节
40S核糖体蛋白S9	P46781	细节
拼接因子1	Q15637	细节
小核核糖核蛋白Sm D2	P62316	细节
丝氨酸/精氨酸富剪接因子4	Q08170	细节
Transgelin-2	P37802	细节
Zyxin	Q15942	细节
丝氨酸/精氨酸富剪接因子1	Q07955	细节
生存运动神经元蛋白	B4DP61	细节
瞬态受体电位阳离子通道亚家族V成员2	Q9Y5S1	细节
Myosin-9	P35579	细节
可能依赖于atp的RNA解旋酶DDX5	P17844	细节
剪接因子3B亚基1	O75533	细节
/肌醇钠转运蛋白	P53794	细节
超长链脂肪酸伸长蛋白5	Q9NYP7	细节
丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶24	Q9Y6E0	细节
丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶3	Q13188	细节
丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶38	Q15208	细节
丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶38样	Q9Y2H1	细节
STE20/ sps1相关富脯氨酸-丙氨酸蛋白激酶	Q9UEW8	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶TAO1	Q7L7X3	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶TAO3	Q9H2K8	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶TBK1	Q9UHD2	细节
丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶	Q9UKI8	细节
2 .丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶	Q86UE8	细节
TRAF2和nck相互作用蛋白激酶	Q9UKE5	细节
非受体酪氨酸蛋白激酶TNK1	Q13470	细节
酪氨酸蛋白激酶受体TYRO3	Q06418	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶ULK1	O75385	细节
ap2相关蛋白激酶1	Q2M2I8	细节
bmp -2诱导蛋白激酶	Q9NSY1	细节
钙/钙调素依赖性蛋白激酶	Q8N5S9	细节
钙/钙调素依赖性蛋白激酶	Q96RR4	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶MRCK γ	Q6DT37	细节
香橼铑相互作用激酶	O14578	细节
双特异性蛋白激酶CLK2	P49760	细节
双特异性蛋白激酶CLK4	Q9HAZ1	细节
酪蛋白激酶I亚型	P48729	细节
死亡相关蛋白激酶2	Q9UIK4	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶DCLK2	Q8N568	细节
干扰素诱导的双链rna激活蛋白激酶	P19525	细节
eif -2-激酶GCN2	Q9P2K8	细节
酪氨酸蛋白激酶	P16591	细节
Cyclin-G-associated激酶	O14976	细节
糖原合成酶激酶3	P49840	细节
白细胞介素-1受体相关激酶	P51617	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶SIK3	Q9Y2K2	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶LATS1	O95835	细节
LIM结构域激酶2	P53671	细节
双特异性丝裂原活化蛋白激酶激酶6	P52564	细节
丝裂原活化蛋白激酶激酶11	Q16584	细节
丝裂原活化蛋白激酶15	Q6ZN16	细节
丝裂原活化蛋白激酶激酶3	Q99759	细节
丝裂原活化蛋白激酶激酶4	Q9Y6R4	细节
丝裂原活化蛋白激酶6	O95382	细节
丝裂原活化蛋白激酶2	Q12851	细节
丝裂原活化蛋白激酶4	O95819	细节
丝裂原活化蛋白激酶激酶5	Q9Y4K4	细节
丝裂原活化蛋白激酶4	P31152	细节
MAP激酶活化蛋白激酶	Q8IW41	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶MARK1	Q9P0L2	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶MARK2	Q7KZI7	细节
MAP/微管亲和调节激酶	P27448	细节
MAP/微管亲和调节激酶	Q96L34	细节
clip -相关蛋白1	Q7Z460	细节
巨核细胞相关酪氨酸蛋白激酶	P42679	细节
母体胚胎亮氨酸拉链激酶	Q14680	细节
畸形激酶1	Q8N4C8	细节
MAP激酶相互作用丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶	Q9BUB5	细节
MAP激酶相互作用丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶	Q9HBH9	细节
肌球蛋白轻链激酶3	Q32MK0	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶Nek1	Q96PY6	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶Nek4	P51957	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶Nek9	Q8TD19	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶OSR1	O95747	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶PAK 1	Q13153	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶PAK 2	Q13177	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶PAK 4	O96013	细节
周期蛋白依赖性激酶17	Q00537	细节
磷脂酰肌醇4-激酶β	Q9UBF8	细节
膜相关的酪氨酸和苏氨酸特异性cdc2抑制激酶	Q99640	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶N1	Q16512	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶N2	Q16513	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶PLK4	O00444	细节
丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶PRP4同源物	Q13523	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶RIO1	Q9BRS2	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶RIO2	Q9BVS4	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶RIO3	O14730	细节
受体相互作用丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶	Q13546	细节
受体相互作用丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶2	O43353	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶SIK2	Q9H0K1	细节
snf相关丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶	Q9NRH2	细节
丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶10	O94804	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶17A	Q9UEE5	细节
组蛋白赖氨酸n -甲基转移酶EZH2	Q15910	细节
Exportin-1	O14980	细节
POU结构域，2类转录因子1	P14859	细节
丝裂原活化蛋白激酶6	Q16659	细节
nadd依赖蛋白去乙酰化酶sirtuin-2	Q8IXJ6	细节
肌营养不良蛋白	P11532	细节
溶质载体家族43个成员3	Q8NBI5	细节
过氧化物酶体增殖物激活受体γ辅激活剂1- β	Q86YN6	细节
电压门控钾通道亚单位β -2	Q13303	细节
细胞色素b还原酶1	Q53TN4	细节
atp柠檬酸合酶	P53396	细节
很长链酰基辅酶a合成酶	O14975	细节
溶质载体家族23个成员2	Q9UGH3	细节
钠偶联中性氨基酸转运蛋白1	Q9H2H9	细节
钠偶联中性氨基酸转运体2	Q96QD8	细节
DNA(胞嘧啶-5)甲基转移酶3A	Q9Y6K1	细节
鞘氨氮1-磷酸受体3	Q99500	细节
锌转运蛋白ZIP10	Q9ULF5	细节
锌转运蛋白ZIP6	Q13433	细节
锌转运体1	Q9Y6M5	细节
锌转运蛋白ZIP3	Q9BRY0	细节
锌转运体6	Q6NXT4	细节
受体酪氨酸蛋白激酶erbB-3	P21860	细节
二酰基甘油激酶zeta	Q13574	细节
v型质子atp酶亚单位S1	Q15904	细节
酪氨酸蛋白磷酸酶非受体12型	Q05209	细节
酪氨酸蛋白磷酸酶非受体6型	P29350	细节
v型质子atp酶116 kDa亚基a亚型1	Q93050	细节
v型质子atp酶116 kDa亚基a亚型2	Q9Y487	细节
线粒体钾通道	Q96ER9	细节
质膜钙转运atp酶1	P20020	细节
质膜钙转运atp酶4	P23634	细节
Caspase-9	P55211	细节
DNA(胞嘧啶-5)甲基转移酶3B	Q9UBC3	细节
白细胞介素6受体亚单位	P40189	细节
鞘氨醇激酶2	Q9NRA0	细节
Leucyl-cystinyl氨基肽酶	Q9UIQ6	细节
平衡核苷转运体3	Q9BZD2	细节
钼铜素合成酶催化亚基	O96007	细节
受体蛋白酪氨酸激酶	Q504U8	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶ATR	Q13535	细节
p -选择素糖蛋白配体	Q14242	细节
小眼相关转录因子	O75030	细节
真核翻译起始因子4e结合蛋白1	Q13541	细节
赖氨酸特异性组蛋白去甲基酶1A	O60341	细节
信号换能器和转录激活因子1- α / β	P42224	细节
增殖标志蛋白Ki-67	P46013	细节
G1 / S-specific cyclin-D3	P30281	细节
G1 / S-specific cyclin-D2	P30279	细节
组蛋白乙酰转移酶p300	Q09472	细节
elav样蛋白1	Q15717	细节
核因子红系2相关因子2	Q16236	细节
双特异性丝裂原活化蛋白激酶7	O14733	细节
camp依赖性蛋白激酶i型β调节亚基	P31321	细节
血红蛋白亚单位-1	P69891	细节
血红蛋白亚单位-2	P69892	细节
bcl -2结合成分3，异构体1/2	Q9BXH1	细节
bcl -2样蛋白11	O43521	细节
腺苷酸环化酶3型	O60266	细节
腺苷酸环化酶6型	O43306	细节
9型腺苷酸环化酶	O60503	细节