同源建模的老鼠和人类细胞色素P450 2 d (CYP2D)亚型和计算合理化实验特异性配体结合。

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Venhorst J, ter Laak, Commandeur约,Funae Y, Hiroi T, Vermeulen NP

同源建模的老鼠和人类细胞色素P450 2 d (CYP2D)亚型和计算合理化实验特异性配体结合。

J医学杂志。2003年1月2;46 (1):74 - 86。

PubMed ID

12502361 (在PubMed

]

文摘

老鼠和人类的配体结合特点CYP2D亚型,即。老鼠CYP2D6 CYP2D1-4和人类,研究通过测量IC(50)值CYP2D6的11个配体使用7-methoxy-4 -(氨甲基)香豆素(MAMC)作为底物。像CYP2D6,所有老鼠CYP2D同功酶催化的MAMC O-demethylation K (m)和V (max)值范围在78 - 145年间microM和0.048和1.122分钟(1),分别。合理化的实验观察到的差异决定集成电路(50)值,同源模型CYP2D亚型构造。CYP2D6的同源性模型的基础上生成结晶兔子CYP2C5和在其繁殖能力验证绑定相应方向的代谢基质,并保持稳定在300 K的分子动力学模拟。22个活性部位残留,分享59%序列的身份,被确定在CYP2D绑定CYP2D6口袋,包括残留Phe120, Glu216, Asp301。静电势的计算显示巨大差异的负电荷CYP2D活跃的网站,这是符合观察绝对IC(50)值的差异。医学研究金雀花碱的绑定模式,奎尼丁,奎宁CYP2D2 CYP2D6而且同意与实验确定IC(50)值和代谢。因此目前的研究提供了新的见解的差异的活性部位拓扑调查CYP2D亚型。

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绑定属性

药物	目标	财产	测量	pH值	温度(°C)
可待因	细胞色素P450 2 d6	集成电路50 (nM)	104000年	N /一个	N /一个	细节
Debrisoquine	细胞色素P450 2 d6	集成电路50 (nM)	23800年	N /一个	N /一个	细节
去甲替林	细胞色素P450 2 d6	集成电路50 (nM)	2300年	N /一个	N /一个	细节
苯乙双胍	细胞色素P450 2 d6	集成电路50 (nM)	27000年	N /一个	N /一个	细节
普萘洛尔	细胞色素P450 2 d6	集成电路50 (nM)	1400年	N /一个	N /一个	细节
奎尼丁	细胞色素P450 2 d6	集成电路50 (nM)	3.3	N /一个	N /一个	细节
奎宁	细胞色素P450 2 d6	集成电路50 (nM)	610年	N /一个	N /一个	细节