发酵菌的结构和动力学人类凝血因子X。

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彼得森Venkateswarlu D, L·佩雷拉,达顿T, LG

发酵菌的结构和动力学人类凝血因子X。

Biophys j . 2002年3月,82 (3):1190 - 206。doi: 10.1016 / s0006 - 3495 (02) 75476 - 3。

PubMed ID

11867437 (在PubMed

]

文摘

解决方案的结构和动力学的人类凝血因子X (FX)调查了解酶原形式的关键结构元素参与激活过程。模型构建了基于2.3决议x射线晶体结构——活性部位抑制人类(PDB: 1 xka)。失踪的gamma-carboxyglutamic酸(GLA)和表皮生长因子1的一部分(EGF1)域的轻链建模GLA-EGF1域的模板的基础上组织因子(TF)绑定FVIIa结构(PDB: 1丹)。激活肽和其他失踪的部分介绍了外汇使用同源建模。完整的calcium-bound外汇受到6.2 ns模型分子动力学模拟在水介质中使用AMBER6.0包。我们观察到显著的重新定位的丝氨酸蛋白酶(SP)域激活导致多域结构紧凑。发酵菌的解决方案结构似乎在well-extended构象与杯子中的钙离子之间的距离域和催化残基估计大约95相比约83的激活形式。后者是和荧光研究FXa基本一致。催化三分子附近的S1-specificity残留物发酵菌和激活结构之间的显著差异。

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药物

凝血因子X人类