人肝组织糖蛋白组学分析结合多酶消化和肼化学。

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陈睿，姜旭，孙东，韩刚，王峰，叶明，王玲，邹宏

人肝组织糖蛋白组学分析结合多酶消化和肼化学。

蛋白质组学杂志，2009年2月;8(2):651-61。doi: 10.1021 / pr8008012。

PubMed ID
19159218 (PubMed视图
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摘要

由于糖蛋白的复杂性大、动态范围分布广、化学计量学修饰程度低，糖蛋白的糖基化研究远远落后于当前蛋白质组学的进展。用肼化学法固相提取胰蛋白酶n -糖肽是分析n -糖蛋白组的常用方法。然而，在用胰蛋白酶对人类蛋白质组数据库中的蛋白质进行硅消解的过程中，发现有相当一部分胰蛋白酶n -糖肽不在鸟枪蛋白质组法的首选检测质量范围内，即800 - 3500 Da。而较大的糖基会阻碍胰蛋白酶接近n -糖基附近的K, R残基进行消化，从而产生较大的糖肽。因此，如果仅用胰蛋白酶来消化蛋白质，许多n -糖位点就不能定位。在此，我们描述了一种综合分析人肝组织n -糖蛋白组的方法，该方法结合肼化学方法和多酶消化。人肝组织裂解液分别用三种不同特异性的蛋白酶，即胰蛋白酶、胃蛋白酶和热溶血素消化。单独使用胰蛋白酶可鉴定出622个n -糖位点，而使用胃蛋白酶和热裂解素可鉴定出317个额外的n -糖位点。在317个附加的n -糖基中，有98个(30.9%)在理论上不能被胰蛋白酶识别，因为硅胰蛋白酶肽中对应的n -糖基要么太小，要么太大，无法在质谱仪中检测到。这项研究清楚地表明，由于采用多酶消化，n -糖基的覆盖率可以显著提高。 A total number of 939 N-glycosites were identified confidently, covering 523 noredundant glycoproteins from human liver tissue, which leads to the establishment of the largest data set of glycoproteome from human liver up to now.

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多肽
的名字 UniProt ID
胰岛素受体 P06213 细节
凝血酶原 P00734 细节
脯氨酸4-羟化酶亚基α -1 P13674 细节
癌胚抗原相关细胞粘附分子 P13688 细节
atp结合盒式磁带亚家族A成员1 O95477 细节
清道夫受体B类成员1 Q8WTV0 细节
Corticosteroid-binding球蛋白 P08185 细节
血管紧张素转换酶 P12821 细节
抗凝血酶iii P01008 细节
皮质类固醇11- β脱氢酶同工酶 P28845 细节
GDH/6PGL内质双功能蛋白 O95479 细节
Alpha-N-acetylglucosaminidase P54802 细节
中性粒细胞弹性蛋白酶 P08246 细节
依赖维生素k的-羧化酶 P38435 细节
外核苷酸焦磷酸酶/磷酸二酯酶家族成员 P22413 细节
低密度脂蛋白受体 P01130 细节
Serotransferrin P02787 细节
天门冬氨酰/ asparaginyl beta-hydroxylase Q12797 细节
纤维蛋白原α链 P02671 细节
性激素结合球蛋白 P04278 细节
电压依赖性钙通道亚基α -2/ δ -1 P54289 细节
高亲和力免疫球蛋白γ Fc受体I P12314 细节
表皮生长因子受体 P00533 细节
肝素辅因子2 P05546 细节
Ephrin - a型受体2 P29317 细节
二肽基肽酶4 P27487 细节
溶酶体alpha-glucosidase P10253 细节
N-acetylgalactosamine-6-sulfatase P34059 细节
Gamma-glutamyltranspeptidase 1 P19440 细节
Alpha-2-macroglobulin P01023 细节
Sialidase-1 Q99519 细节
-1-酸性糖蛋白1 P02763 细节
补体衰变加速因子 P08174 细节
血清对氧磷酶/芳酯酶1 P27169 细节
组织蛋白酶D P07339 细节
Alpha-1-antitrypsin P01009 细节
硫胺素转运体2 Q9BZV2 细节
胰岛素样生长因子结合蛋白3 P17936 细节
Beta-glucuronidase P08236 细节
Glucosylceramidase P04062 细节
血管紧张素转换酶2 Q9BYF1 细节
Lactotransferrin P02788 细节
膜一级胺氧化酶 Q16853 细节
Kininogen-1 P01042 细节
P03951 细节
基膜特异性硫酸肝素蛋白聚糖核心蛋白 P98160 细节
Chymase P23946 细节
整合素beta 2 P05107 细节
冯·维勒布兰德因子 P04275 细节
质子偶联叶酸转运体 Q96NT5 细节
血管紧张肽原 P01019 细节
Heparanase Q9Y251 细节
Vitronectin P04004 细节
髓过氧物酶 P05164 细节
氨肽酶N P15144 细节
中性粒细胞明胶酶相关脂脂素 P80188 细节
细胞间粘附分子 P05362 细节
5 '核苷酸酶 P21589 细节
CD44抗原 P16070 细节
血浆铜蓝蛋白 P00450 细节
二肽酶1 P16444 细节
己糖苷酶亚基 P07686 细节
整合素β3 P05106 细节
Endoplasmin P14625 细节
Prosaposin P07602 细节
纤连蛋白 P02751 细节
血清淀粉样蛋白p组分 P02743 细节
adp核糖环化酶/环状adp核糖水解酶 Q10588 细节
组织蛋白酶F Q9UBX1 细节
补C1s子分量 P09871 细节
补体因子B P00751 细节
纤维蛋白原链 P02675 细节
纤维蛋白原γ链 P02679 细节
补体C1r子分量 P00736 细节
补体C1q子分量子单位A P02745 细节
层粘连蛋白亚基-5 O15230 细节
层粘连蛋白亚基β -1 P07942 细节
层粘连蛋白亚单位-1 P11047 细节
层粘连蛋白亚基α -1 P25391 细节
Calreticulin P27797 细节
低密度脂蛋白受体相关蛋白1 Q07954 细节
亚洲糖蛋白受体2 P07307 细节
丝氨酸蛋白酶hepsin P05981 细节
Neuropilin-1 O14786 细节
组织蛋白酶L1 P07711 细节
胆碱酯酶 P06276 细节
胆碱转运体样蛋白2 Q8IWA5 细节
原胶原-赖氨酸，2-氧戊二酸5-双加氧酶 O00469 细节
脯氨酸3-羟化酶 Q32P28 细节
谷酰基氨基肽酶 Q07075 细节
磷脂酰丝氨酸合成酶2 Q9BVG9 细节
分解素和金属蛋白酶结构域蛋白10 O14672 细节
Alpha-galactosidase一 P06280 细节
血浆激肽释放酶 P03952 细节
上皮细胞粘附分子 P16422 细节
血浆蛋白酶C1抑制剂 P05155 细节
Ig γ -1链C区 P01857 细节
Beta-2-glycoprotein 1 P02749 细节
Zinc-alpha-2-glycoprotein P25311 细节
Arylsulfatase一 P15289 细节
清道夫受体富半胱氨酸1型蛋白M130 Q86VB7 细节
瘦素受体 P48357 细节
他们的受体 Q02763 细节
羧肽酶B2 Q96IY4 细节
程序性细胞死亡1配体1 Q9NZQ7 细节
补体C3 P01024 细节
跨膜糖蛋白NMB Q14956 细节
t细胞表面糖蛋白CD4 P01730 细节
Endoglin P17813 细节
toll样受体8 Q9NR97 细节
单核细胞分化抗原CD14 P08571 细节
UDP-glucuronosyltransferase 1 - 1 P22309 细节
UDP-glucuronosyltransferase 1 - 4 P22310 细节
碱性磷酸酶，组织非特异性同工酶 P05186 细节
受体型酪氨酸蛋白磷酸酶S Q13332 细节
整合素beta 1 P05556 细节
整合素alpha-V P06756 细节
不依赖阳离子的甘露糖-6-磷酸受体 P11717 细节
溶质载体家族22个成员7 Q9Y694 细节
-1-酸性糖蛋白2 P19652 细节
UDP-glucuronosyltransferase 1 - 3 P35503 细节
UDP-glucuronosyltransferase 2 b7 P16662 细节
UDP-glucuronosyltransferase 2 b4 P06133 细节
UDP-glucuronosyltransferase 1 - 8 Q9HAW9 细节
类胰蛋白酶α/ beta 1 Q15661 细节
内皮素转换酶 P42892 细节
Ig γ -2链C区 P01859 细节
Pro-cathepsin H P09668 细节
HLA I类组织相容性抗原，B-27 α链 P01889 细节
癌胚抗原相关细胞粘附分子 P06731 细节
载脂蛋白米 O95445 细节
脊髓灰质炎病毒受体 P15151 细节
阳离子依赖性甘露糖-6-磷酸受体 P20645 细节
Decorin P07585 细节
肌醇1,4,5-三磷酸受体1型 Q14643 细节
棕榈酰蛋白硫酯酶1 P50897 细节
L-amino-acid氧化酶 Q96RQ9 细节
羧肽酶D O75976 细节
N-acetylmuramoyl-L-alanine酰胺酶 Q96PD5 细节
Alpha-N-acetylgalactosaminidase P17050 细节
羧肽酶问 Q9Y646 细节
补充C4-A P0C0L4 细节
UDP-glucuronosyltransferase 2去往b15 P54855 细节
古柯碱酯酶 O00748 细节
转铁蛋白受体蛋白1 P02786 细节
转铁蛋白受体蛋白2 Q9UP52 细节
细胞色素b-245重链 P04839 细节
Stabilin-2 Q8WWQ8 细节
钠/钾运输atp酶亚单位β -1 P05026 细节
钠/钾运输atp酶亚单位β -2 P14415 细节
载脂蛋白D P05090 细节
Ig γ -4链C区 P01861 细节
C链区域 P01871 细节
adp核糖环化酶/环状adp核糖水解酶 P28907 细节
硒蛋白P P49908 细节
P2X嘌呤受体4 Q99571 细节
溶酶体保护蛋白 P10619 细节
溶质载体家族13个成员5 Q86YT5 细节
Fibrillin-2 P35556 细节
Afamin P43652 细节
整合素alpha-5 P08648 细节
神经细胞粘附分子L1 P32004 细节
巨噬细胞受体MARCO Q9UEW3 细节
次要组织相容性抗原H13 Q8TCT9 细节
节点调制器1 Q15155 细节
剪接因子3A亚基3 Q12874 细节
Alpha-2-HS-glycoprotein P02765 细节
c4b结合蛋白α链 P04003 细节
互补组分C8 β链 P07358 细节
补体成分C9 P02748 细节
补体因子H P08603 细节
补体因子I P05156 细节
Clusterin P10909 细节
胰岛素样生长因子结合蛋白复合物酸不稳定亚基 P35858 细节
胰蛋白酶间抑制剂重链H2 P19823 细节
Lumican P51884 细节
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c4b结合蛋白β链 P20851 细节
补体组分C8 α链 P07357 细节
凝血因子XIII B链 P05160 细节
Ficolin-3 O75636 细节
胰蛋白酶间抑制剂重链H1 P19827 细节
胰蛋白酶间抑制剂重链H4 Q14624 细节
免疫球蛋白J链 P01591 细节
孕带蛋白 P20742 细节
Alpha-1-antichymotrypsin P01011 细节
n -酰基乙醇胺水解酸酰胺酶 Q02083 细节
Iduronate 2-sulfatase P22304 细节
Alpha-L-iduronidase P35475 细节
Arylsulfatase B P15848 细节
UDP-glucuronosyltransferase 2 b10 P36537 细节
磷脂转移蛋白 P55058 细节
HLA II类组织相容性抗原，DR α链 P01903 细节
HLA II类组织相容性抗原，DR β 5链 Q30154 细节
N-sulphoglucosamine sulphohydrolase P51688 细节
外核苷三磷酸二磷酸水解酶 O75356 细节
Prostaglandin-H2 D-isomerase P41222 细节
锌转运器ZIP14 Q15043 细节
载脂蛋白b - 100 P04114 细节
血液结合素 P02790 细节
富含组氨酸糖蛋白 P04196 细节
结合珠蛋白 P00738 细节
血清对氧磷酶/芳酯酶2 Q15165 细节
v型质子atp酶亚单位S1 Q15904 细节
整合素αx P20702 细节
苷酶 P16278 细节
白细胞介素6受体亚单位 P40189 细节
免疫球蛋白重常数γ 3 P01860 细节
血管生成素相关蛋白3 Q9Y5C1 细节
淋巴管内皮透明质酸受体1 Q9Y5Y7 细节
细胞外超氧化物歧化酶[Cu-Zn] P08294 细节
HLA I类组织相容性抗原，C α链 P10321 细节
Arylacetamide脱乙酰酶 P22760 细节
小鼠抗原 Q5ZPR3 细节
亚洲糖蛋白受体1 P07306 细节