建模和分子动力学的谷氨酰胺转氨酶K /半胱氨酸共轭beta-lyase。
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Venhorst J, ter Laak,梅耶尔M,凡德维特灵我Commandeur约,Rooseboom M, Vermeulen NP
建模和分子动力学的谷氨酰胺转氨酶K /半胱氨酸共轭beta-lyase。
J摩尔图模型。2003年9月,22 (1):55 - 70。
- PubMed ID
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12798391 (在PubMed]
- 文摘
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homodimeric,吡哆醛5 '磷酸(PLP)端依赖酶谷氨酰胺转氨酶K /半胱氨酸共轭beta-lyase (GTK / beta-lyase)在内的bioactivation chemopreventive化合物。介绍第一个同源模型大鼠肾GTK / beta-lyase及其活性部位残留,推导出从分子动力学(MD)模拟13绑定模式的结构多样化的半胱氨酸S-conjugates PLP Amber-parametrization后和氨基酸。与栖热菌属酸奶天冬氨酸转氨酶(tAAT)和鲁兹锥体酪氨酸转氨酶(tTAT),用作建模模板GTK / beta-lyase,表明PLP-binding GTK / beta-lyase是高度保守的。结合配体alpha-carboxylate-group发生通过守恒的残留Arg(432)和Asn(219),和Asn(50)和通用电气(70)。两个口袋容纳各种配体侧链。一个小口袋里,位于PLP正上方,是一个高度疏水性和芳香的性格。形成一个更大的口袋里,部分是由于衬底访问通道,更亲水,尤其是涉及到盐桥伙伴Glu(54)和参数(99 *)(*表示其他亚基)。配体结合残留物包括低浓缩铀(51)、社会学(71),酪氨酸(135),板式换热器(373)和板式换热器(312 *),经常被观察和pi-stacking交互。酪氨酸(135)和Asn(50)突出与半胱氨酸S-conjugates硫原子的氢键。观察到的绑定模式的配体与实验相一致决定对GTK / beta-lyase抑制效力。 The current homology model thus provides a starting point for further validation of the role of active site residues in ligand-binding by means of mutagenesis studies. Ultimately, insight in the binding of ligands to GTK/beta-lyase may result in the rational design of new ligands and selective inhibitors.